Στην ιστορία της σύγχρονης Ελλάδας, η Γυάρος συνδέθηκε με εποχές πολιτικής καταπίεσης. Το 1947 κατασκευάστηκε και η φυλακή της Γυάρου, η οποία με υπουργική απόφαση του 2001 χαρακτηρίστηκε διατηρητέο μνημείο. Το 1947 ξεκίνησαν οι πρώτες οικοδομικές εργασίες στο νησί που περιλάμβαναν εκβραχισμούς και διαμορφώσεις του εδάφους, διάνοιξη δρόμων, κτίσιμο ειδικών κτιρίων φυλακών, αποθηκών, κατοικιών φυλάκων, πυροβολείων, κ.α. Σε πέντε όρμους του νησιού δημιουργήθηκαν στρατόπεδα συγκέντρωσης. Στον πρώτο όρμο το 1950 βρισκόταν 5.500 κρατούμενοι, στον δεύτερο 1.500, στον τρίτο 990, στον τέταρτο 2.000 και στον πέμπτο 300 κρατούμενοι. Εκτός από τους πολιτικούς κρατούμενους, πολιτικοί και θρησκευτικοί κρατούμενοι εξέτισαν ποινές εξορίας στη φυλακή της Γυάρου ως αντιρρησίες συνείδησης. Η χρήση του ως τόπου εξορίας και φυλάκισης έγινε κυρίως στα διαστήματα 1947-1952, 1955-1961 και 1967-1974.
Την περίοδο 1947-1952 πέρασαν από τη Γυάρο, έναν από τους χειρότερους τόπους εξορίας, συνολικά 14.500 πολίτες καταδικασμένοι από Έκτακτα Στρατοδικεία. Οι κρατούμενοι αυτοί άρχισαν να κτίζουν με καταναγκαστική εργασία τα κτήρια των φυλακών. Η Γυάρος παρέμεινε τόπος περιορισμού των πολιτικών κρατουμένων μέχρι το 1961. Στη συνέχεια τα κτίρια παραδόθηκαν στο Γενικό Επιτελείο Ναυτικού για να τα χρησιμοποιήσει σαν αποθήκες. Τότε η περιοχή γύρω από το νησί χαρακτηρίστηκε απαγορευμένη.
Με την εγκαθίδρυση του στρατιωτικοφασιστικού καθεστώτος της 21ης Απριλίου του 1967, η Γυάρος ξανα λειτούργησε για τον εκτοπισμό χιλιάδων αντιπάλων του καθεστώτος. Οι τελευταίοι κρατούμενοι εγκατέλειψαν το νησί τον Ιούλιο του 1974, μετά την πολιτική αλλαγή. Την περίοδο 1947-1952 πέρασαν από τη Γυάρο, έναν από τους χειρότερους τόπους εξορίας, συνολικά 14.500 πολίτες καταδικασμένοι από Έκτακτα Στρατοδικεία. Οι κρατούμενοι αυτοί άρχισαν να κτίζουν με καταναγκαστική εργασία τα κτήρια των φυλακών.
Οι κρατούμενοι ζούσαν σε συνθήκες πειθαρχημένης διαβίωσης, που δεν διέφεραν ουσιαστικά από τη διαβίωση των φυλακισμένων, μολονότι κανείς τους δεν είχε καμιά καταδικαστική απόφαση δικαστηρίου εις βάρος του. Μολονότι, κατά τη διάρκεια της κράτησής τους, δε σημειώθηκαν οι βιαιοπραγίες και οι βασανισμοί της περιόδου του Εμφύλιου Πολέμου, οι κρατούμενοι υπέφεραν από τη στενότητα του χώρου, την έλλειψη νερού και το κακό σιτηρέσιο.
Η διεθνής κατακραυγή αλλά και η απόπειρα της χούντας να προχωρήσει σε κάποιον επιφανειακό εκδημοκρατισμό του καθεστώτος της, την οδήγησαν, το καλοκαίρι του 1973, στην κατάργηση του στρατοπέδου και την απόλυση των κρατουμένων. H ανατροπή του Παπαδόπουλου από τον Iωαννίδη είχε συνέπεια να χρησιμοποιηθεί και πάλι η Γυάρος σαν φυλακή για 44 πολιτικούς κρατούμενους, από τον Φεβρουάριο του 1974 και ως την πτώση της χούντας.
Μαρτυρία: «Είµαστε φυλακισμένοι επάνω στη γη και δέσμιοι ενός γήινου σώματος. Θα πεθάνω, αλλά πρέπει γι’ αυτό να πεθάνω βογκώντας; Θα φυλακισθώ. Αλλά πρέπει γι’ αυτό να θρηνολογώ; Θα εξοριστώ. Αλλά ποιος µπορεί να µε εµποδίσει να φύγω χαμογελώντας, εύθυμος και ήρεμος;
-Πες μου το µυστικό.
-Δεν το λέω, γιατί αυτό εξαρτάται από τη θέλησή μου.
-Θα σε ρίξω τότε στα σίδερα.
-Άνθρωπε, τι λες; Εμένα; Μόνο το πόδι μου µπορείς να αλυσοδέσεις. Τη θέλησή μου
ούτε ο Δίας μπορεί να καταβάλει.
-Θα σε φυλακίσω.
-Το καημένο μου κορμί, εννοείς.
-Θα σε αποκεφαλίσω.
-Πότε εγώ δήλωσα πως μονάχα ο δικός μου τράχηλος δεν μπορεί να κοπεί;
Αυτές είναι οι σκέψεις που πρέπει να κάνει ένας φιλόσοφος, αυτά πρέπει να γράφει κάθε μέρα, σ’ αυτά πρέπει να γυμνάζεται». Έχουν γραφτεί αρκετά. Όμως, όσα και να γραφούν, δεν μπορούν να περιγράψουν την πραγματικότητα, την πρωτοφανή βαρβαρότητα που βίωσαν οι περισσότεροι από 18.500 κρατούμενοι που πέρασαν από εκεί, την πρώτη περίοδο, 1947 -1954, και χιλιάδες πολλές ακόμα στις επόμενες περιόδους, που το καταραμένο αυτό νησί χρησιμοποιήθηκε από τις κυβερνήσεις της άρχουσας τάξης, δεξιές και κεντρώες, και τη χούντα αργότερα, σαν τόπος εξορίας των αγωνιστών της δημοκρατίας. Κι αυτό, σε μια προσπάθεια, με την απομόνωση από τον άλλο κόσμο και με τη χρησιμοποίηση κάθε μεθόδου βασανισμών, πείνας και εξαθλίωσης, με στόχο να «σπάσουν» ψυχολογικά τους αγωνιστές. Η Γυάρος, που, πλέον, αποτελεί ιστορικό τόπο μνήμης, λειτούργησε σε τρεις περιόδους, από τις οποίες την πρώτη, την πιο τραγική, 1947-1953, χρησιμοποιήθηκε, στην κυριολεξία, σαν τάφος για χιλιάδες αγωνιστές αντιστασιακούς της απελευθέρωσης της πατρίδας από το Γερμανό κατακτητή. Ακολούθησε η δεύτερη περίοδος, 1954 -1961, όπου, επίσης, μαρτύρησαν χιλιάδες αγωνιστές, κομμουνιστές, δημοκράτες, ενώ για τρίτη φορά το νησί, και η προηγούμενη υποδομή που φτιάχτηκε με τα χέρια των πολιτικών κρατούμενων της πρώτης περιόδου, χρησιμοποιήθηκε σαν τόπος εξορίας την περίοδο της χούντας των συνταγματαρχών, 1967-'68 και 1973-'74. […]
Η επιλογή του χώρου (από τα πρώτα χρόνια «αξιοποίησής» του) γίνεται μετά από επισκέψεις σε πολλά νησιά, κυρίως ερημονήσια. Την οργάνωση μιας τέτοιας φυλακής - εξορίας, έχει αναλάβει ένας Άγγλος ειδικός, που έμεινε στην ιστορία, ως «Κουλοχέρης» - έτσι τον ονόμασαν οι πολιτικοί κρατούμενοι, γιατί είχε το ένα χέρι του κομμένο. Αυτός αποφάνθηκε πως το νησί - φυλακή που χρειάζεται το καθεστώς είναι η Γιούρα, ως ο πιο πρόσφορος τόπος εξόντωσης των πολιτικών κρατουμένων. Εδώ μπορούσε το καθεστώς, σε συνθήκες πλήρους απομόνωσης των κρατουμένων, να συνδυάσει όλες τις μακάβριες τεχνικές για την εξόντωση, ηθική και φυσική, των επικίνδυνων κομμουνιστών, των πολιτικών του αντιπάλων, «εν κρυπτώ και παραβύστω». Έτσι, αποφασίστηκε να ιδρυθεί το στρατόπεδο, και αρχίζουν να στέλνουν, απ' όλη την Ελλάδα, πολιτικούς κρατούμενους. Διατάσσονται όλες οι φυλακές του κράτους να στείλουν τους κρατούμενούς τους στη Γιούρα. Αρχικά, υπάρχει πρόγραμμα για 10.000. Αδειάζουν κυριολεχτικά πολλές φυλακές του κράτους, που έρχονται στη Γιούρα, όχι μόνον με τους κρατούμενούς τους, αλλά και το προσωπικό τους, τα βιβλία τους, τα έπιπλά τους (φυλακές Καλαμών, Θεσσαλονίκης, Αθηνών κλπ). Παρ' όλο που, απ' την πρώτη μέρα της ίδρυσής της, η Γυάρος ονομάζεται «εγκληματική φυλακή» και θα 'πρεπε, συνεπώς, να περιλάβει μόνο βαρυποινίτες καταδίκους, ωστόσο στέλνουν κάθε είδους κρατούμενο: Θανατοποινίτες, κατάδικους σ' εγκληματικές ποινές, ελαφροποινίτες κι υπόδικους ακόμα. Υγιείς και άρρωστους (απ' τ' αναρρωτήρια των φυλακών κι απ' τη «Σωτηρία»). Άντρες, γέρους και παιδιά 12, 13 χρονών από τη Ρούμελη - υπόδικα!). Η τύχη όλων αυτών των ανθρώπων φανερώνεται από την πρώτη στιγμή. Σταμάτημα της επαφής απ' όλο τον κόσμο. Ολοκληρωτική απομόνωση. Μ' αυτό τον τρόπο: Οι κατάδικοι δεν μπορούν κανένα ένδικο μέσο ν' ασκήσουν. Οι υπόδικοι με κανένα τρόπο δεν μπορούν να φροντίσουν την υπόθεσή τους. Μένουν έτσι μήνες, χρόνια υπόδικοι, υποφέρουν τόσα, ώσπου, κάποτε, τυχαία, θα τους αρπάξουν για δίκη ή θα τους κοινοποιήσουν ένα βούλευμα απαλλαχτικό - άπειρες φορές έγινε κι αυτό (αφού ρημάχτηκαν 1-2 χρόνια στη Γιούρα)! Όσο για τους θανατοποινίτες - είναι τόσο βαρύ το δράμα τους... Δεν ξέρουν τίποτα για την πορεία της υπόθεσής τους: Αλληλογραφία σπάνια - κι αν φτάσει ποτέ στον προορισμό της. Αίτηση χάριτος αδύνατο να γίνει στη Γιούρα. Έπειτα, πού καιρός ν' ασχοληθείς με τέτοια, όταν ολημερίς σέρνεσαι στη δουλειά, βασανίζεσαι, προσπαθείς να σωθείς από την άμεση καθημερινή απειλή της ζωής σου; Κυρίως, όμως, δεν κάνει ο θανατοποινίτης καμιά ενέργεια στη Διεύθυνση, γιατί αλίμονό σου αν μάθει η Διεύθυνση ή κανένας φύλακας ότι είσαι δικασμένος σε θάνατο και ζητάς και ρέστα: θα κακοποιηθείς σε τέτοιο βαθμό, που ίσως δε θα ζήσεις...
[Σε άλλο άρθρο διαβάζουμε, πάντα για τις συνθήκες κράτησης και επιβίωσης στο Νησί…] Έτσι απομονωμένη η Γυάρος από τον άλλο κόσμο, ήταν ο ιδανικότερος τόπος για να μπορούν να βασανίζουν, χωρίς ν' ακούγονται οι φωνές των βασανισθέντων κρατουμένων, και να μην μπορούν οι τελευταίοι να ασκήσουν ακόμη και κανένα ένδικο μέσο.
Στα τρία πρώτα χρόνια, όπως αποκαλύπτουν οι ίδιοι με τα σημειώματα που αποτέλεσαν τη βάση για την έκδοση του βιβλίου «ΓΙΟΥΡΑ ΤΟ ΘΑΝΑΤΟΝΗΣΙ», και με υπομνήματα που κατάφεραν να στείλουν προς διεθνείς οργανισμούς, στον ΟΗΕ και τον ΕΣ κλπ., οι πολιτικοί κρατούμενοι στη Γυάρο, στο θανατονήσι - το Νταχάου της Αμερικανοκρατίας, ζήσαν σε μια φρίκη, σε μια κόλαση, μέσα στο αίμα και στο θάνατο. Με ατέλειωτα βασανιστήρια μέσα σε μια ολοκληρωτική απομόνωση απ' όλο τον κόσμο, τσακίστηκαν από στερήσεις, πείνα, αγρύπνια, δίψα. Η φυματίωση, κατά κύριο λόγο, θέριζε, ξεπερνώντας το 60-70% του συνόλου των συντρόφων μας.
Μικρό απόσπασμα από την μαρτυρία μια γυναίκας εξόριστης στη Γυάρο.
Η Χρυσούλα Γκόγκογλου, η οποία έμεινε σχεδόν όλο το 1968 στη Γυάρο, ήταν μια από τις 300 γυναίκες κρατούμενες, που πέρασαν από αυτό το κάτεργο.
Όπως είπε η Χρ. Γκόγκογλου, πολλές από αυτές τις γυναίκες τις συλλάβανε προληπτικά, και άλλες, αργότερα, για την αντιδικτατορική τους δράση. Ανάμεσα σ' αυτές, ήτανε μάνες με μωρά, μητέρες με μικρά παιδιά, που τ' άφησαν μόνα τους στο σπίτι και την προστασία των συγγενών και της γειτονιάς, γιατί -σε μερικές περιπτώσεις- ήταν και ο πατέρας στην εξορία.
Κατακρατούσαν ακόμα και τα γράμματα Οι άνθρωποι της χούντας δε συγκινούνταν σε κανένα δράμα. Αντίθετα, προσπαθούσαν να κάνουν πιο σκληρή και απάνθρωπη τη ζωή των κρατουμένων. «Κατακρατούσαν τα γράμματά μας, είπε η Χρ. Γκόγκογλου, το μόνο μέσο επικοινωνίας με τις οικογένειές μας. Το γράμμα με την κακή είδηση, το θάνατο, την αρρώστια έφτανε στα χέρια μας. Ένιωθαν ευχαρίστηση, όταν μας ανήγγελλαν τέτοιες ειδήσεις, ενώ, αντίθετα, τα χαρούμενα γράμματά μας καταστρέφονταν, τα πετούσαν στη θάλασσα».